An Entropy-Based Position Projection Algorithm for Motif Discovery

Table 2

The comparison of MEME, GAME, VINE, APMotif, and EPP on six DNA datasets.

Datasets	MEME			GAME			VINE			APMotif			EPP
	P	R	F	P	R	F	P	R	F	P	R	F	P	R	F
CREB	0.93	0.68	0.78	0.68	0.79	0.73	0.72	0.80	0.76	0.70	0.84	0.76	0.74	0.90	0.81
CRP	0.89	0.67	0.76	0.79	0.78	0.78	0.94	0.70	0.80	0.86	0.72	0.78	0.83	0.79	0.81
MEF2	0.93	0.82	0.88	0.82	0.80	0.81	0.88	0.88	0.88	0.84	0.94	0.89	0.84	0.94	0.89
MYOD	0.60	0.28	0.38	0.48	0.48	0.48	0.47	0.86	0.61	0.60	0.52	0.56	0.78	0.68	0.82
SRF	0.74	0.89	0.81	0.70	0.92	0.80	0.92	0.94	0.93	0.88	0.90	0.89	0.95	0.97	0.96
TBP	0.83	0.69	0.76	0.78	0.77	0.77	0.74	0.87	0.80	0.72	0.80	0.76	0.82	0.81	0.82
Average	0.82	0.56	0.73	0.72	0.77	0.74	0.78	0.84	0.81	0.77	0.79	0.78	0.83	0.85	0.85