Rapid Identification of Drug-Resistant Tuberculosis Genes Using Direct PCR Amplification and Oxford Nanopore Technology Sequencing

Table 2

Percentage (%) identify of consensus sequences to Sanger sequencing results.

Sample	ropB		katG		gyrA		gyrB		rrs		eis
	NL/SL^a (bp/bp)	Identify (%)	NL/SL (bp/bp)	Identify (%)	NL/SL (bp/bp)	Identify (%)	NL/SL (bp/bp)	Identify (%)	NL/SL (bp/bp)	Identify (%)	NL/SL (bp/bp)	Identify (%)
Y12	543/454	100.00	455/363	100.00	530/441	100.00	–^b	—	—	—	567/477	100.00
Y50	543/456	100.00	—	—	530/443	100.00	—	—	—	—	—	—
Y76	543/459	100.00	—	—	530/438	100.00	609/521	100.00	—	—	—	—
Y80	543/453	100.00	455/355	100.00	530/442	100.00	—	—	516/428	100.00	—	—
Y83	543/461	100.00	—	—	530/438	100.00	—	—	—	—	—	—
Y88	543/454	100.00	—	—	530/444	100.00	—	—	—	—	—	—
Y105	543/462	100.00	455/367	100.00	530/444	100.00	609/524	100.00	—	—	—	—
Y143	—	—	—	—	530/430	100.00	—	—	—	—	—	—
Y145	—	—	—	—	530/439	100.00	—	—	—	—	—	—
Y159	—	—	—	—	530/440	100.00	—	—	—	—	—	—
Y183	—	—	—	—	530/437	100.00	—	—	—	—	—	—
Y189	—	—	—	—	530/436	100.00	—	—	—	—	—	—
Y170	543/456	100.00	—	—	530/439	100.00	—	—	—	—	—	—
Y191	—	—	—	—	530/437	100.00	—	—	—	—	—	—
Y208	—	—	—	—	530/437	100.00	—	—	—	—	—	—
Y221	—	—	—	—	530/438	100.00	—	—	—	—	—	—
Y252	543/453	100.00	—	—	530/439	100.00	609/512	100.00	—	—	—	—
Y254	—	—	—	—	530/445	100.00	—	—	—	—	—	—
Y256	543/455	100.00	455/366	100.00	530/427	100.00	—	—	—	—	—	—
Y281	—	—	—	—	530/440	100.00	—	—	—	—	—	—

^aNL/SL, Nanopore assembly length/Sanger sequencing length; ^b, null.