A Systematic Evaluation of Feature Selection and Classification Algorithms Using Simulated and Real miRNA Sequencing Data

Table 4

Summary of three classification methods using real data.

Datasets	FS	Logistic regression			RF			SVM
		PPV	NPV	AUC	PPV	NPV	AUC	PPV	NPV	AUC
BRCA	baySeq	0.53	0.53	0.53	1.00	0.99	0.99	0.95	0.96	0.96
	DESeq	0.70	0.72	0.70	1.00	0.99	1.00	1.00	0.94	0.97
	edgeR	0.54	0.55	0.55	1.00	0.99	0.99	0.54	0.55	0.55
	Lasso	0.97	0.98	0.98	1.00	0.99	0.99	0.97	0.98	0.98
	Rank sum	0.55	0.55	0.55	1.00	0.99	0.99	0.55	0.55	0.55
	PSODT	0.85	0.86	0.86	0.99	0.98	0.98	0.85	0.86	0.86
HNSC	baySeq	0.35	0.38	0.37	0.54	0.56	0.55	0.63	0.52	0.58
	DESeq	0.52	0.57	0.55	0.53	0.52	0.52	0.91	0.47	0.69
	edgeR	0.32	0.35	0.33	0.54	0.54	0.54	0.32	0.35	0.33
	Lasso	0.52	0.76	0.64	0.55	0.55	0.55	0.52	0.76	0.64
	Rank sum	0.35	0.31	0.33	0.54	0.54	0.54	0.35	0.31	0.33
	PSODT	0.43	0.44	0.43	0.55	0.54	0.54	0.43	0.44	0.43
KICH	baySeq	0.36	0.38	0.37	0.65	0.66	0.66	0.68	0.70	0.69
	DESeq	0.37	0.39	0.38	0.66	0.65	0.66	0.68	0.84	0.76
	edgeR	0.40	0.38	0.39	0.66	0.65	0.66	0.40	0.38	0.39
	Lasso	0.64	0.82	0.73	0.65	0.66	0.65	0.64	0.82	0.73
	Rank sum	0.39	0.38	0.39	0.66	0.66	0.66	0.39	0.38	0.39
	PSODT	0.37	0.38	0.37	0.66	0.65	0.66	0.37	0.38	0.37
LUAD	baySeq	0.40	0.47	0.43	0.46	0.45	0.46	0.45	0.69	0.57
	DESeq	0.30	0.78	0.54	0.46	0.41	0.44	0.95	0.36	0.65
	edgeR	0.44	0.47	0.46	0.47	0.45	0.46	0.44	0.47	0.46
	Lasso	0.47	0.74	0.61	0.47	0.45	0.46	0.47	0.74	0.61
	Rank sum	0.30	0.36	0.33	0.47	0.45	0.46	0.30	0.36	0.33
	PSODT	0.36	0.50	0.43	0.47	0.45	0.46	0.36	0.50	0.43
STAD	baySeq	0.42	0.56	0.49	0.44	0.45	0.44	0.44	0.63	0.54
	DESeq	0.14	0.85	0.49	0.41	0.38	0.40	0.91	0.25	0.58
	edgeR	0.37	0.42	0.40	0.49	0.46	0.47	0.37	0.42	0.40
	Lasso	0.43	0.77	0.60	0.46	0.46	0.46	0.43	0.77	0.60
	Rank sum	0.40	0.48	0.44	0.44	0.46	0.45	0.40	0.48	0.44
	PSODT	0.36	0.44	0.44	0.44	0.46	0.45	0.36	0.44	0.40
THCA	baySeq	0.49	0.63	0.56	0.56	0.57	0.57	0.77	0.50	0.63
	DESeq	0.49	0.85	0.67	0.54	0.58	0.56	0.54	0.82	0.68
	edgeR	0.53	0.59	0.56	0.56	0.60	0.58	0.53	0.59	0.56
	Lasso	0.54	0.88	0.71	0.56	0.59	0.57	0.54	0.88	0.71
	Rank sum	0.44	0.44	0.44	0.57	0.58	0.58	0.44	0.44	0.44
	PSODT	0.48	0.56	0.52	0.56	0.56	0.56	0.48	0.56	0.52