Clinically Actionable Insights into Initial and Matched Recurrent Glioblastomas to Inform Novel Treatment Approaches
Table 3
Comparison of genes with SNVs identified in IDH-wildtype and IDH-mutant initial and recurrent tumours in the GBM cohort with those outlined by Barthel et al. [8], described for the five phases of gliomagenesis.
Gliomagenesis phases
Pathway
Common tumour genetic alterations (Barthel et al.)
IDH wildtype
IDH-mutant
Barthel et al.
GB-initial
GB-recurrent
GB-potentially pathogenic VUS
Barthel et al.
GB-initial
GB-recurrent
GB-potentially pathogenic VUS
Diagnostic panel (Y/N)
I: initial growth
IDH
—
IDH1
—
Y
IDH1
IDH1
—
Y
Y
IDH
—
IDH2
—
IDH2
—
—
Y
Rb
CDK6
CDK6
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
EGFR
EGFR
EGFR
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
MET
MET
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
PDGFRA
PDGFRA
—
PDGFRA
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
PIK3CA
PIK3CA
—
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
PIK3R1
PIK3R1
—
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
PTEN
PTEN
PTEN
Y
—
—
—
Y
WNT
TERT
TERT
TERT
—
—
—
Y
NF1
—
—
—
—
—
Y
CTCF
N
TET1
N
II: oncogene-induced senescence
p53
TP53
TP53
TP53
—
Y
TP53
TP53
—
Y
Y
p53
CDKN2A
CDKN2A
CDKN2A
—
—
—
—
Y
p53
PPM1D
PPM1D
—
Y
—
—
—
Y
Rb
RB1
RB1
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
BRAF
BRAF
—
Y
—
—
—
Y
CDKN2B
CDKN2B
—
—
—
—
—
Y
ACVR1
—
—
—
—
—
Y
III: stressed growth
p53
ATM
ATM
ATM
Y
—
—
Y
p53
ATR
ATR
—
Y
—
—
—
Y
MYC
—
—
—
—
—
Y
CDK4
—
—
—
—
—
Y
MDM2
—
—
—
—
—
Y
IV: replicative senescence/crisis
CHD5
N
TREX1
N
Terra
N
RB1
—
RB1
—
—
—
—
Y
WNT
TERT
TERT
TERT
TERT
—
—
—
Y
p53
TP53
TP53
TP53
—
Y
TP53
TP53
—
Y
Y
ATRX
-
—
ATRX
—
—
Y
—
DAXX
—
Y
DAXX
—
—
Y
V: immortalisation and dedifferentiation
OLIG2
N
SOX2
N
GB-SNVs
G-proteins
—
GNAS
GNAS
—
—
GNAS
Y
NOTCH
—
NOTCH1
—
—
—
—
Y
NOTCH
—
NOTCH2
—
—
—
—
Y
p53
—
BRCA1
BRCA1
Y
—
—
—
Y
p53
—
BRCA2
BRCA2
—
BRCA2
—
Y
p53
—
BRPF3
—
—
—
—
Y
p53
—
MDM4
—
—
—
—
Y
p53
—
MSH2
—
—
MSH2
—
Y
p53
—
MSH6
—
Y
—
MSH6
—
Y
Y
p53
—
RAD50
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
ALK
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
CDH1
—
—
CDH1
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
CSF1R
CSF1R
—
CSF1R
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
FGFR2
—
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
FGFR3
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
FGFR4
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
FOXO3
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
JAK2
—
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
KDR
KDR
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
KLK1
—
—
KLK1
—
Y
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
LZTR1
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
MYB
—
Y
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
NTRK2
—
—
—
—
Y
RTK/Ras/PI(3)K
—
TSC2
—
Y
—
TSC2
—
Y
Y
SHH
—
PTCH1
—
Y
—
—
—
Y
SHH
—
PTCH2
—
—
—
—
Y
SHH
—
SMO
—
Y
—
—
—
Y
WNT
—
APC
—
—
APC
—
Y
WNT
—
CREBBP
—
Y
—
CREBBP
—
Y
Y
WNT
—
DICER1
—
—
—
—
Y
WNT
—
KLF4
—
—
—
—
Y
WNT
—
KMT2D
—
—
—
—
Y
Risk mutations related to heritable diseases (Barthel et al. [8])
TERC
N
OBFC1
N
POT1
N
RTEL1
N
TERT
TERT
TERT
TERT
—
—
—
Y
TP53
TP53
TP53
—
Y
TP53
TP53
—
Y
Y
NF1
—
—
—
—
—
—
Y
NF2
—
—
—
—
—
—
Y
CHK2 (CHEK2)
—
CHEK2
—
Y
—
—
—
Y
Also included is a list of risk mutations related to heritable diseases. Genes identified with VUS that were possibly pathogenic in the GBM cohort are highlighted in bold.